A tantárgy gyakorlatának témája a kémiai informatika területéhez sorolható. Ezen a tudományterületen számos olyan gyakorlati probléma merül fel, amelyek érdekes, nehéz, ugyanakkor elég konkrét algoritmikus feladatokra vezetnek, mint pl. a gráfizomorfizmus, részgráfizomorfizmus vagy legnagyobb közös részgráf keresése. A témaválasztást ezen kívül az ELTE IK és a ChemAxon kémiai informatikai kutató-fejlesztő cég jó kapcsolata, együttműködése is megalapozza.
A vizsgált feladatok kapcsán érdemes megismerni és használni a ChemAxon cég Marvin programcsomagját.